Angewandte Bioinformatik: Eine Einfuhrung by Priv.-Doz. Dr. Paul M. Selzer, Dipl.-Ing. Richard J.

By Priv.-Doz. Dr. Paul M. Selzer, Dipl.-Ing. Richard J. Marhöfer, Dr. Andreas Rohwer (auth.)

Durchblick durch die Informationsflut einer aufstrebenden Wissenschaft

Als die Bioinformatik noch in den Kinderschuhen steckte, waren Programmierkenntnisse nötig, um mit den kryptischen Programmen zu arbeiten. Ihren growth verdankt sie dem rasanten Wachstum im Bereich Informatik und den damit einher gehenden tough- und Software-Entwicklungen sowie dem Siegeszug des WWW.

Heute gehören Techniken wie Sequenzsuchen mit dem BLAST-Algorithmus, paarweise und a number of Sequenzvergleiche, Abfragen biologischer Datenbanken, die Erstellung phylogenetischer Untersuchungen und vieles mehr zum täglichen Handwerkszeug eines Naturwissenschaftlers.

Der Leser lernt die biologischen Grundlagen, die Werkzeuge der Bioinformatik, ihre Verfügbarkeit, den Ort ihrer Verfügbarkeit und ihr sicheres Handhaben kennen.

Übungen, die an jedem computer mit Internetzugang durchgeführt werden können, helfen, das Gelernte zu vertiefen.

Diese Einführung in die "angewandte Bioinformatik" strukturiert eine komplexe wissenschaftliche Thematik.

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Ge nba n k (14 740 b ytes ) 22 6 Tra nsfer complete . 38 Kbyt e s / s ) ftp > bye 22 1 Goo dbye . Abb. 3. genbank) vom NCBI-FTP-Server. Die Benutzereingaben sind fett hervorgehoben 17 18 Computer, Betriebssysteme und Internet Befehl get. README. genbank in das aktuelle Verzeiehnis des lokalen Computers herunter. Mit dem Befehl bye oder qui t, wird die FTP-Session abgebaut. Im Folgenden sind die wichtigsten Befehle des FTP-Protokolls aufgelistet. ! Fiihrt den angegebenen Befehl auf dem lokalen Computer aus.

Mput * . txt 19 20 Computer, Betriebssystemeund Internet prompt prompt Schaltet zwischen den Modi interaktiv und nichtinteraktiv bei der Ausfiihrung multipler Kommandos urn. put put Ladt die angegebene Datei vom lokalen Computer auf den FTP-Server. fas vom lokalen Computer auf den Server. put sequence. fas pwd pwd Gibt den Namen des aktuellen Verzeichnisses auf dem FTP-Server aus. 4 World Wide Web Obwohl FTP eine sehr groBe Bedeutung zur Ubertragung von Dateien zwischen entfernten Computern erlangt hat, weist das Protokoll einige Nachteile auf.

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